The NIA, dipimpin oleh seorang Direktur Jenderal dan dibantu oleh dua Wakil Direktur Jenderal dan satu Sekretaris Utama, terdiri dari empat divisi, empat kantor, lima korps dan lebih dari dua ribu personil resmi. Keempat divisi tersebut adalah Divisi Urusan Masuk dan Keluar, Divisi Urusan Imigrasi, Divisi Hubungan Internasional, dan Divisi Informasi Imigrasi. Keempat kantor tersebut adalah Sekretariat, Kantor Personalia, Kantor Akuntan, dan Kantor Dinas Sipil. Lima korps tersebut adalah Korps Pelayanan, Korps Penyelamatan, Korps Operasi Khusus Pertama, Korps Operasi Khusus Korps Kedua, dan Korps Perbatasan.
