本署隸屬內政部，在署長、兩位副署長及主任秘書下，四組四室及五大隊，負責實際工作的執行。

本署掌理下列事項：

1. 入出國政策之擬訂及執行事項。
2. 移民政策之擬訂、協調及執行事項。
3. 大陸地區人民、香港、澳門居民及臺灣地區無戶籍國民入國審理事項。
4. 入出國證照查驗、鑑識、許可及調查處理事項。
5. 停留、居留及定居審理許可事項。
6. 違反入出國及移民相關規定之查察、收容、強制出境及驅逐出國等事項。
7. 促進與各國入出國及移民業務之合作聯繫事項。
8. 移民輔導之協調及執行事項。
9. 難民認定、庇護及安置管理事項。
10. 入出國安全與移民資料之蒐集及事證調查事項。
11. 入出國與移民業務資訊之整合規劃及管理事項。
12. 移民人權之保障事項。
13. 其他有關入出國與移民業務之規劃及執行事項。

本署署本部設在台北巿廣州街十五號，在全國25縣市設有服務站，為民眾辦理入出國手續，並在中正和高雄國際機場、基隆港、台中港、高雄港、金門、馬祖設有入出境旅客服務站。

為服務海外僑民，本署在海外設有二十九個工作組，辦理入出境諮詢、服務事項。

本署各單位業務介紹

單位	掌理事項
入出國事務組	入出國政策及法令之擬訂。 施政計畫及重要方案之研究發展、管制考核。 臺灣地區人民入出國及進入大陸地區之規劃及執行。 大陸地區人民、香港澳門居民、臺灣地區無戶籍國民及外國人入國（境）停留之管理、協調及聯繫。 入出國管制之規劃及執行。 服務站業務之規劃及督導。 其他有關入出國事項。
移民事務組	移民政策與法令之擬訂及執行。 移入人口指紋建檔之規劃及移民相關資料之蒐集、統計、分析。 移民輔導之規劃、協調及執行。 移民人權保障之規劃、協調及執行。 大陸地區婚姻媒合廣告之管制。 移民業務機構之許可、管理及移民專業人員之訓練。 大陸地區人民、香港澳門居民、臺灣地區無戶籍國民與外國人入國（境）居留、永久居留或定居之管理、協調及聯繫。 違反入出國及移民相關法規者收容、遣送之規劃及督導。 其他有關移民事項。
國際事務組	促進與各國入出國及移民業務之合作聯繫。 駐外業務之規劃及督導。 難民相關法規之擬訂、難民認定、庇護及安置管理。 涉外案件之處理及協調。 入出國安全與移民資料之蒐集、統合及事證調查。 重大、突發、緊急案件處理、勤務之指揮、管制、督導、支援及與有關機關之聯繫、協調。 其他有關本署國際事項。
移民資訊組	入出國及移民業務資訊之整合規劃及協調。 入出國及移民業務資通安全。 資訊作業之開發、建置及研究發展。 資訊系統之管理及運作。 與其他機關相關資訊之移轉與交換之規劃、協調及執行。 電腦檔案資料之管理及運用。 資訊系統相關設備之維護及管理。 資訊教育訓練計畫之研擬、規劃及推動。 其他有關移民資訊事項。
秘書室	會報及議事之處理。 公共關係及新聞發佈。 印信典守及文書處理。 檔案管理。 法令之研究、整理、編纂及諮詢。 國家賠償事件之處理。 出納、財物、營繕、採購及其他事務管理。 其他有關秘書事項。
人事室	本署人事事項。
會計室	本署歲計、會計及統計事項。
政風室	本署政風事項。
服務事務大隊	有戶籍國民之入出國服務。 臺灣地區無戶籍國民之入出國、停留、居留或定居之審理、許可。 大陸地區人民之入出境、停留或居留之審理、許可，及其定居之審理。 香港澳門居民之入出境、停留、居留或定居之審理、許可。 外國人之停留延期、居留、永久居留或重入國之審理、許可。 移民輔導之執行。 違反入出國及移民相關法規行為之舉發。 逾期居留、停留之裁罰。 移民業務機構之管理。 移民管理及大陸地區婚姻媒合廣告管制之執行。 其他有關入出國及移民服務事項。
專勤事務大隊	面談業務之規劃及國境內面談之執行。 外來人口訪查與查察之協調、聯繫及執行。 國境內違反入出國及移民相關法規之調查、逮捕、臨時收容、移送、強制出境及驅逐出國。 其他有關專勤事項。
國境事務大隊	入出國證照之查驗、鑑識及許可。 國境線入出國安全管制及面談之執行。 國境線證照核發、指紋建檔及入出國服務。 國境線違反入出國及移民相關法規之調查、過境監護、逮捕、臨時收容、移送及遣送戒護。 證照鑑識及查驗之教育訓練。 其他有關國境事項。
收容事務大隊	違反入出國及移民相關法規。