內政部入出國及移民署是以原有的入出境管理局為基礎，結合內政部外籍配偶生活輔導、警政署的證照查驗、外國人居停留管理、陸務等工作及僑務委員會等單位分業務，於96年1月2日設立。

　　移民署內部設入出國事務組、移民事務組、國際事務組、移民資訊組等4個組；以及秘書、人事、會計、政風等4個室；另在國際機場、港口設有國境事務大隊；而對非法入境或逾期停留大陸人士及外國人士等，設有收容專務大隊，辦理相關收容、遣送事宜；在各縣市設有專勤隊及服務站。外國人、大陸人士與臺灣地區人民結婚來臺灣，要辦理居留、團聚或延期，就是要到移民署所屬的各縣市服務站辦理。

　　為了讓外來人口，能夠快速融入臺灣社會，移民署特別加強輔導從外國結婚來臺灣的人口，讓他(她)們學習語言、瞭解臺灣文化，以便快速適應在臺灣的生活。同時針對非法入境或合法入境後從事與許可目的不符活動的人口，加強查緝工作，以維護臺灣的安全，共同創造美好的生活環境。