本署隸屬內政部，在署長、兩位副署長及主任秘書下，四組四室及五大隊，負責實際工作的執行。
本署掌理下列事項：
- 入出國政策之擬訂及執行事項。
- 移民政策之擬訂、協調及執行事項。
- 大陸地區人民、香港、澳門居民及臺灣地區無戶籍國民入國審理事項。
- 入出國證照查驗、鑑識、許可及調查處理事項。
- 停留、居留及定居審理許可事項。
- 違反入出國及移民相關規定之查察、收容、強制出境及驅逐出國等事項。
- 促進與各國入出國及移民業務之合作聯繫事項。
- 移民輔導之協調及執行事項。
- 難民認定、庇護及安置管理事項。
- 入出國安全與移民資料之蒐集及事證調查事項。
- 入出國與移民業務資訊之整合規劃及管理事項。
- 移民人權之保障事項。
- 其他有關入出國與移民業務之規劃及執行事項。
本署署本部設在台北巿廣州街十五號，在全國25縣市設有服務站，為民眾辦理入出國手續，並在中正和高雄國際機場、基隆港、台中港、高雄港、金門、馬祖設有入出境旅客服務站。
為服務海外僑民，本署在海外設有二十九個工作組，辦理入出境諮詢、服務事項。
本署各單位業務介紹
| 單位 |
掌理事項 |
| 入出國事務組 |
- 入出國政策及法令之擬訂。
- 施政計畫及重要方案之研究發展、管制考核。
- 臺灣地區人民入出國及進入大陸地區之規劃及執行。
- 大陸地區人民、香港澳門居民、臺灣地區無戶籍國民及外國人入國（境）停留之管理、協調及聯繫。
- 入出國管制之規劃及執行。
- 服務站業務之規劃及督導。
- 其他有關入出國事項。
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| 移民事務組 |
- 移民政策與法令之擬訂及執行。
- 移入人口指紋建檔之規劃及移民相關資料之蒐集、統計、分析。
- 移民輔導之規劃、協調及執行。
- 移民人權保障之規劃、協調及執行。
- 大陸地區婚姻媒合廣告之管制。
- 移民業務機構之許可、管理及移民專業人員之訓練。
- 大陸地區人民、香港澳門居民、臺灣地區無戶籍國民與外國人入國（境）居留、永久居留或定居之管理、協調及聯繫。
- 違反入出國及移民相關法規者收容、遣送之規劃及督導。
- 其他有關移民事項。
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| 國際事務組 |
- 促進與各國入出國及移民業務之合作聯繫。
- 駐外業務之規劃及督導。
- 難民相關法規之擬訂、難民認定、庇護及安置管理。
- 涉外案件之處理及協調。
- 入出國安全與移民資料之蒐集、統合及事證調查。
- 重大、突發、緊急案件處理、勤務之指揮、管制、督導、支援及與有關機關之聯繫、協調。
- 其他有關本署國際事項。
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| 移民資訊組 |
- 入出國及移民業務資訊之整合規劃及協調。
- 入出國及移民業務資通安全。
- 資訊作業之開發、建置及研究發展。
- 資訊系統之管理及運作。
- 與其他機關相關資訊之移轉與交換之規劃、協調及執行。
- 電腦檔案資料之管理及運用。
- 資訊系統相關設備之維護及管理。
- 資訊教育訓練計畫之研擬、規劃及推動。
- 其他有關移民資訊事項。
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| 秘書室 |
- 會報及議事之處理。
- 公共關係及新聞發佈。
- 印信典守及文書處理。
- 檔案管理。
- 法令之研究、整理、編纂及諮詢。
- 國家賠償事件之處理。
- 出納、財物、營繕、採購及其他事務管理。
- 其他有關秘書事項。
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| 人事室 |
本署人事事項。 |
| 會計室 |
本署歲計、會計及統計事項。 |
| 政風室 |
本署政風事項。 |
| 服務事務大隊 |
- 有戶籍國民之入出國服務。
- 臺灣地區無戶籍國民之入出國、停留、居留或定居之審理、許可。
- 大陸地區人民之入出境、停留或居留之審理、許可，及其定居之審理。
- 香港澳門居民之入出境、停留、居留或定居之審理、許可。
- 外國人之停留延期、居留、永久居留或重入國之審理、許可。
- 移民輔導之執行。
- 違反入出國及移民相關法規行為之舉發。
- 逾期居留、停留之裁罰。
- 移民業務機構之管理。
- 移民管理及大陸地區婚姻媒合廣告管制之執行。
- 其他有關入出國及移民服務事項。
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| 專勤事務大隊 |
- 面談業務之規劃及國境內面談之執行。
- 外來人口訪查與查察之協調、聯繫及執行。
- 國境內違反入出國及移民相關法規之調查、逮捕、臨時收容、移送、強制出境及驅逐出國。
- 其他有關專勤事項。
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| 國境事務大隊 |
- 入出國證照之查驗、鑑識及許可。
- 國境線入出國安全管制及面談之執行。
- 國境線證照核發、指紋建檔及入出國服務。
- 國境線違反入出國及移民相關法規之調查、過境監護、逮捕、臨時收容、移送及遣送戒護。
- 證照鑑識及查驗之教育訓練。
- 其他有關國境事項。
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| 收容事務大隊 |
違反入出國及移民相關法規。 |
